Se propone como misión promover la  investigación básica y aplicada priorizando procesos de largo plazo que tienen a la ecología, y la interacción humano ambiental como centro de los problemas. Junto a ello se busca el afianzamiento de la investigación científica en el Sur de Mendoza insertando en su agenda temas de prioridad en la comunidad regional e intentando ensamblar sus acciones en las propuestas educativas locales.

Así mismo se busca interactuar con disciplinas del campo aplicado (principalmente ingenierías) en busca de potenciar la retroalimentación entre la actividad regional, demandas actuales, y el conocimiento científico. Potenciar el crecimiento de las investigaciones de procesos evolutivos y ecológicos enfatizando el estudio de los registros paleontológico, arqueológico y ambiental principalmente en la región centro-occidental de Argentina. Estos estudios se enfocarán en programas donde la investigación, educación, protección y gestión del patrimonio natural y cultural constituirán el centro del instituto y se integrarán con el desarrollo de tecnologías innovadoras para el ordenamiento territorial.